La tercera temporada de Smallville comienza el 1 de octubre de 2003 y termina el 19 de mayo de 2004. Consta de 22 episodios. Clark continúa en Metrópolis con el anillo de Kriptonita Roja, cometiendo crímenes y maldades. Jonathan obtiene poderes similares a los de Clark con la ayuda de Jor-El, y lo devuelve a Smallville, mientras que Lex estuvo exiliado en una isla desierta luego de explotar el jet en su viaje de luna de miel; luego es rescatado. Durante esta temporada, vemos momentos de tensión entre Clark y Lana, ya que ella le considera una persona muy complicada. Pete se encuentra en controversia por la responsabilidad de guardar el secreto de su amigo y Chloe se siente presionada por Lionel por no revelarle situaciones inusuales acerca de Clark. Después de cuestiones complicadas, como la aparición de otros afectados por la kriptonita y de un misterioso hombre llamado Adam Knight, Lana, cansada de los secretos de Clark, decide irse a París, Francia.
Episodios
1. El exilio
2. Phoenix
3. Extinction
4. Sopor
5. Perry
6. Reliquia
7. Magnetismo
8. Destrozado
9. Manicomio
10. Whisper
11. Persecución
12. De ahora en adelante
13. Velocidad
14. Obsesión
15. Resurrección
16. Crisis
17. Legado
18. Truth
19. Memoria
20. Talisman
21. Abandonado
22. Covenant (2)
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