La tercera temporada comienza después de que en el final de la segunda Chuck se convirtiera en el Intersect 2.0, poco después Sarah le propone a Chuck fugarse con ella a lo que chuck responde que no por que lo están entrenando para convertirse en un verdadero espía. En el primer capítulo Chuck es despedido y cae en depresion, es entonces cuando se reencuentra con Casey y lo sigue en una misión donde se reencuentra también con Sarah. Después de resolver la misión la misión Bartowski vuelve a la carga, con un Casey contento (aunque lo sigue ocultando) y una Sarah aun molesta con Chuck. En esta temporada también vemos que Ellie y Devon se mudan a su propio departamento y Morgan se muda con Chuck.
Episodios
1. Chuck Versus the Pink Slip
2. Chuck contra las tres palabras
3. Chuck Versus the Angel de la Muerte
4. Chuck contra la operación impresionante
5. Chuck contra la primera clase
6. Chuck contra los nachos con guacamole
7. Chuck contra la máscara
8. Chuck contra el nombre falso
9. Chuck contra la barba
10. Chuck contra el tic tac
11. Chuck contra el examen final
12. Chuck contra el héroe americano
13. Chuck contra el otro
14. Chuck Versus the Honeymooners
15. Chuck contra los modelos de papel
16. Chuck Versus the Tooth
17. Chuck contra los muertos vivientes
18. Chuck Versus the Subway
19. Chuck Versus the Ring: Part 2
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