Durante la primera mitad de esta temporada el equipo liderado por Mike debe hacerse con las seis tarjetas de Scylla, vitales para derrotar a La Compañía. El grupo está configurado por Michael Scofield, Lincoln Burrows, Fernando Sucre, Sara Tancredi, Brad Bellick y Alexander Mahone. Todos ellos están bajo el control de su superior, el agente Donald Self. Para el sexteto, a excepción de Sara, el hacerse con las tarjetas de Scylla es la única manera de liberar sus cargos, y ser libres una vez acabada la misión.
Episodios
1. Scylla
2. Breaking & Entering
3. Apagado
4. Eagles and Angels
5. Sanos y salvos
6. Blow Out
7. Five the Hard Way
8. The Price
9. Greatness Achieved
10. La clave
11. Quiet Riot
12. Selfless
13. Deal Or No Deal
14. ¿Negocio nada más?
15. Going Under
16. The Sunshine State
17. Carga materna
18. VS.
19. S.O.B.
20. Cowboys and Indians
21. Rate of Exchange
22. Final del número
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