La segunda temporada de Phineas y Ferb se inició en Disney XD el 19 de febrero de 2009, y en Disney Channel el 27 de marzo de 2009. Una vista previa de la temporada fue el 23 de enero de 2009 en Toon Disney, con el episodio Tip of the day. La temporada cuenta con los dos hermanastros en vacaciones de verano tratando de hacer cada día el mejor día, mientras que su hermana trata de atraparlos. Los diez personajes principales son: los hermanos Phineas Flynn y Ferb Fletcher, el agente secreto Perry el Ornitorrinco, su hermana mayor, Candace Flynn, el malvado Dr. Heinz Doofenshmirtz, la adorable vecina Isabella Garcia-Shapiro, Linda Flynn (la mamá de los chicos), el jefe de Perry, el Mayor Monograma, Buford Van Stomm y Baljeet. Los personajes recurrentes son Jeremy Johnson, Stacy Hirano y muchos más.
Episodios
1. The Lake Nose Monster
2. Entrevista con un ornitorrinco
3. El tema del día
4. Attack of the 50 Foot Sister
5. Backyard Aquarium
6. Day of the Living Gelatin!
7. Elementary, My Dear Stacy
8. Ni pestañeéis
9. Chez Ornitorrinco
10. Perry pone un huevo
11. Gaming the System
12. The Chronicles of Meap
13. Thaddeus and Thor
14. ¡El avión! ¡El avión!
15. Pruébalo aquí
16. En el lavadero de coches
17. Oh, ahí estás, Perry
18. La familia de Robinson-Flynn
19. El escondite
20. Esa sensación de hundimiento
21. Los Baljeatles
22. Brusquedad Vanessasaria
23. No More Bunny Business
24. Un día en el balneario
25. El boogaloo del quantum de Phineas y Ferb
26. Los diez mejores videoclips musicales de Phineas y Ferb
27. Chicos burbuja
28. Isabella y el templo de savia
29. ¡Alegra esa Cara, Candace!
30. Congreso de Chicas Exploradoras
31. El código de los matones
32. Finding Mary McGuffin
33. Picture This
34. Nerdy Dancin'
35. What Do It Do
36. Atlántida
37. Phineas and Ferb Christmas Vacation
38. Pasaba por aquí...
39. El gran día de Candace
40. Era un robot de mediana edad
41. Suddenly Suzy
42. Undercover Carl
43. Hip hip desfile
44. La invasión de los ladrones de Ferb
45. Ain't No Kiddie Ride
46. Not Phineas and Ferb
47. Phineas and Ferb-Busters
48. El susurrados de lagartos
49. Rodeo robot
50. The Beak
51. Ella es la alcaldesa
52. El puesto de limonada
53. Phineas and Ferb Hawaiian Vacation (1)
54. Phineas and Ferb Hawaiian Vacation (2)
55. Phineas and Ferb: Summer Belongs to You!
56. Nerds of a Feather
57. Wizard of Odd
58. Nosotros lo llamamos laberinto
59. Ladies and Gentlemen, Meet Max Modem!
60. El secreto del éxito
61. El lado Doof de la luna
62. Personalidad dividida
63. Agota cerebros
64. Montaña rusa: ¡el musical!
65. Jugar a imaginar
66. Candance se la carga
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