La quinta temporada de Stargate Atlantis comenzó el 11 de julio de 2008 y finalizó el 9 de enero de 2009 con un total de 20 episodios.
Episodios
1. Search and Rescue (2)
44 min10 Jul 2008
2. La semilla
44 min17 Jul 2008
3. Broken Ties
43 min24 Jul 2008
4. The Daedalus Variations
44 min31 Jul 2008
5. Fantasma en la máquina
44 min14 Aug 2008
6. El santuario
44 min21 Aug 2008
7. Susurros
44 min4 Sep 2008
8. La reina
44 min11 Sep 2008
9. Rastreador
44 min18 Sep 2008
10. Primer contacto (Parte 1)
44 min25 Sep 2008
11. The Lost Tribe (2)
44 min9 Oct 2008
12. Outsiders
44 min16 Oct 2008
13. Inquisition
44 min19 Oct 2008
14. The Prodigal
44 min6 Nov 2008
15. Restos
44 min13 Nov 2008
16. Tormenta cerebral
44 min20 Nov 2008
17. Infección
44 min4 Dec 2008
18. Identidad
44 min11 Dec 2008
19. Vegas
44 min18 Dec 2008
20. Enemigo en la puerta
43 min8 Jan 2009
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