Año 73 de la Era cósmica, dos años después de la firma del Tratado de Junius, hecho que puso fin a la guerra entre naturalistas y coordinadores, un nuevo tiempo presenta nuevos problemas. Nuevas amenazas quebrantan las débiles promesas de paz, grupos irregulares de coordinadores provocan un ataque a gran escala contra los naturalistas usando los restos de la colonia Junius-7 y los amos del poder que se mueven en las sombras estimulando el odio entre los bandos para ganar beneficios personales. Los personajes van a lo largo de la historia buscando la verdad de la guerra que se desata y de las fuerzas que mueven al mundo en una vorágine de violencia, nuevamente viejos amigos se encuentran en bandos diferentes y nuevos aliados y enemigos se mezclan para dar inicio a una nueva saga.
Episodios
1. Angry Eyes
2. Los Que Llaman a la Guerra
3. Disparos de Advertencia
4. Campo de Batalla de Stardust
5. Cicatrices que No Sanan
6. The End of the World
7. Tierra de Confusión
8. Junction
9. Bared Fangs
10. El Hechizo de un Padre
11. El Camino Elegido
12. Blood in the Water
13. Resurrected Wings
14. Vuelo hacia Mañana
15. Regreso al Campo de Batalla
16. Struggle in the Indian Ocean
17. La Vida del Soldado
18. ¡Ataque al Lohengrin!
19. La Verdad Oculta
20. Pasado
21. Ojos Errantes
22. Espada de los Cielos Azules
23. Las Sombras de la Guerra
24. Visiones Diferentes
25. El Lugar del Pecado
26. The Promise
27. Unfulfilled Feelings
28. Sobrevivientes y Sacrificios
29. Fates
30. Un Sueño Efímero
31. The Endless Night
32. Stella
33. El Mundo Revelado
34. Pesadilla
35. Víspera del Caos
36. Athrun en la Huida
37. Trueno en la Oscuridad
38. Una Nueva Bandera
39. Kira de los Cielos
40. Legacy of Gold
41. Refrain
42. Libertad y Justicia
43. Un Llamado a la Contraofensiva
44. Lacus por Doble
45. Preludio a la Revolución
46. La Canción de la Verdad
47. Meer
48. Hacia un Nuevo Mundo
49. Rey
50. El Poder Final
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