Es la continuación de Digimon Adventure y su historia transcurre tres años después. Como el antiguo grupo de niños elegidos tiene nuevas responsabilidades, ya que son adolescentes, un nuevo grupo es escogido, al cual se unen dos de los miembros originales, Takeru Takaishi y Hikari Kamiya.
Episodios
1. El que hereda el valor
2. The Digiteam Complete
3. A New Digitude
4. Iron Vegiemon
5. Destruid la Torre de Oscuridad
6. Un picnic peligroso
7. Los recuerdos de Kari
8. La soledad de Digimon Emperador
9. El poder desencadenado del Anillo Maligno
10. The Captive Digimon
11. Raidramon, el trueno azul
12. The Good, the Bad, and the Digi
13. La llamada de Dragomon
14. Shurimon, el viento
15. Big Trouble in Little Edo
16. Submarimon. Escape del fondo del mar
17. Conmemoración en Odaiba
18. Perseguid la base del Emperador
19. Kimeramon, el Digimon compuesto
20. Una digievolución prodigiosa. El dorado Magnamon
21. Adiós, Ken
22. Davis Cries Wolfmon
23. Genesis of Evil
24. Ankylomon y el acorazado terrestre
25. Spirit Needle
26. ADN-Digievolución. Ahora hay un sólo corazón
27. Paildramon, la Digievolución perfecta
28. La trampa de la encantadora de insectos
29. El fallo de Arukenimon, la mujer araña
30. Ultimate Anti-Hero
31. La tormenta de amor, Sylphimon
32. If I Only had a Heart
33. A Chance Encounter
34. Destiny in Doubt
35. El Ataque de BlackWarGreymon
36. Stone Soup
37. Azulongmon, el Híper Campeón Gigante
38. A Very Digi-Christmas
39. Movilización General. Imperialdramon
40. Digimon World Tour (1)
41. Gran Conflicto en el Mar del Coral y Versalles
42. La gran batalla del Boroshi y el amor
43. Invasion of the Daemon Corps
44. Lucha a muerte con los Digimon oscuros
45. La Puerta de la Oscuridad
46. BlackWarGreymon contra WarGreymon
47. El sello de BlackWarGreymon
48. Oikawa's Shame
49. The Last Temptation of the DigiDestined
50. A Million Points of Light
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